Năm 1990, sau khi Luật Công ty ban hành, hàng loạt doanh nghiệp dân doanh ra đời đã góp phần không nhỏ vào tốc độ tăng trưởng của nền kinh tế Việt Nam. Thực tế này đã làm nảy sinh nhu cầu có một tổ chức để chia sẻ, hợp tác, giúp đỡ các doanh nghiệp cùng phát triển.

Nắm bắt tình hình thực tế, tháng 4 năm 1994, Ủy ban thanh niên Việt Nam, Hội LHTN Việt Nam đã khuyến khích, động viên và bảo trợ cho nhóm các nhà doanh nghiệp trẻ tập hợp nhau trong những CLB tại Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh.

Tháng 5/1995, Hội LHTN Việt Nam Thành phố Hà Nội ra quyết định lập Ban trù bị thành lập Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội. Theo quyết định của Hội LHTN Việt Nam, tháng 8/1998, Hội nghị ra mắt Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội đã đánh dấu bước phát triển đầu tiên của Hội.

Đại hội lần thứ nhất Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội, tháng 9/1999, đã đánh dấu sự ra đời tổ chức Hội của các doanh nhân trẻ Thủ đô. Bằng quyết định số 7242/QĐ-UB ngày 03/12/2001, UBND Thành phố Hà Nội đã công nhận Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội có đầy đủ tư cách pháp nhân, tự chủ về tài chính, hoạt động theo pháp luật Việt Nam.

Thực hiện chủ trương sáp nhập địa giới hành chính Thủ đô Hà Nội của Chính phủ, ngày 01/10/2008, Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội đã nhận được Quyết định số 03/QĐ-HHN của Hội LHTN Việt Nam Thành phố Hà Nội về việc: Kết thúc hoạt động của BCH Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội và BCH Hội Doanh nghiệp Trẻ tỉnh Hà Tây; công nhận BCH Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội (mới). Quyết định nêu rõ, kết thúc hoạt động của BCH Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội và BCH Hội Doanh nghiệp Trẻ tỉnh Hà Tây từ ngày 30/9/2008; công nhận BCH Hội Doanh nghiệp Trẻ Hà Nội (mới) gồm 53 anh chị từ ngày 01/10/2008.

Với hơn 30 Hội viên ngày đầu thành lập, đến nay, Hội đã thu hút gần 800 Hội viên là những doanh nhân trẻ đang lãnh đạo các doanh nghiệp thuộc mọi thành phần kinh tế, hoạt động sản xuất, kinh doanh trên địa bàn Thủ đô.